In een groot aantal situaties zijn de mensenrechten en burgerrechten in het geding. Voorbeelden: het dragen van een hoofddoek op scholen en in openbare functies; het dragen van een boerka op openbare plaatsen; religie-onderwijs op school; het niet aannemen of ontslaan van homoseksuele leerkrachten; grenzen van godsdienstvrijheid en blasfemie; belediging naar godsdienst; gezondheidszorg voor en opvang van illegalen; vreemdelingendetentie; uitzetting van familieleden na 1F (asielzoekers verdacht van oorlogsmisdrijven); recht op het weigeren van een homohuwelijk door ambtenaren; recht op pedofiele uitingen en het al dan niet verbieden van partijen die pedofilie goedkeuren; de grenzen van copyright op internet; euthanasie na ondraaglijk psychisch lijden, omstandigheden van gevangenschap van langgestraften; grenzen van privacy in de strijd tegen terrorisme, inzage in medische dossiers (ook van familieleden), dwangverpleging en isolatie, gebreken in de zorg voor en waardigheid van ouderen in tehuizen; controle door werkgevers van privé-mail en telefoonverkeer, de aanwezigheid van een advocaat bij verhoren, mankerende snelrechtprocedures bij demonstraties, ruimte voor wapengebruik bij politie, vormen van pijnlijk boeien, etnisch profileren door de politie; optreden van speciale arrestatieteams, het fouilleren op straat in uitgaangsgebieden; aanstootgevende' kunst in openbare ruimten; enzovoort.

Zorgen die Amnesty en andere organisaties aangaande Nederland naar voren hebben gebracht zijn onder meer:

- De afgelopen jaren hebben internationale en Europese toezichthoudende instanties bij herhaling zorgen geuit over mensenrechtelijke ontwikkelingen in Nederland. Zo hebben de Commissaris voor de Rechten van de Mens van de Raad van Europa, het VN-Comité tegen Rassendiscriminatie en de Europese Commissie tegen Racisme en Intolerantie zich bezorgd getoond over de toon van het publieke integratiedebat en het gebruik van stigmatiserende en discriminerende uitspraken in Nederland. Het VN-Mensenrechtencomité heeft in 2009 Nederland aanbevolen maatregelen te nemen om discriminatie bij wonen en werken in Nederland tegen te gaan.

- Vanaf medio 2010 is de asielprocedure in beginsel beperkt tot een periode van acht dagen. Dit kan voor asielzoekers te kort zijn om hun asielverzoek te kunnen onderbouwen. In enkele gevallen zijn door Nederland teruggestuurde asielzoekers in hun land van herkomst gevangengezet. In 2010 zijn ten minste 75 Irakse asielzoekers teruggestuurd naar hun land, in strijd met de richtlijnen van de VN-vluchtelingenorganisatie UNHCR.

- Verschillende internationale toezichthouders, onder wie de Commissaris voor de Rechten van de Mens van de Raad van Europa, zijn kritisch geweest over het Nederlandse beleid inzake vreemdelingendetentie. Nederland houdt in verhouding tot andere Europese landen veel vreemdelingen vast. Zeker bij kinderen en andere kwetsbare groepen moet, behoudens uitzonderlijke gevallen, worden afgezien van detentie. Het ontwikkelen en invoeren van alternatieven voor detentie, in het bijzonder voor kwetsbare groepen, dient een speerpunt te zijn voor de Nederlandse overheid. Het Nederlandse opvangbeleid moet in overeenstemming zijn met de verplichtingen voortvloeiend uit internationale mensenrechtenstandaarden. Kinderen horen niet in de cel, maar ook niet op straat. Officieel onderzoek naar de 'Schipholbrand', die in oktober 2005 uitbrak in een cellencomplex van Schiphol en waarbij elf illegale migranten om het leven kwamen en vijftien mensen gewond raakten, bevestigde zorgen over onveilige detentieomstandigheden en het feit dat bewaarders onvoldoende waren opgeleid.

- Er is de dreiging dat kinderen van asielzoekers die als verdachten van oorlogsmisdaden waren aangemerkt (volgens bepaling 1F van de Vreemdelingenwet) gelijk met hun ouders worden uitgezet.

- Amnesty is bezorgd dat de maatregelen voor het 'managen' van migratie onvoldoende rekening houden met een effectieve bescherming van de rechten van vluchtelingen. Amnesty dringt erop aan dat Nederland het VN-Verdrag inzake de Bescherming van de Rechten van Migrerende Werknemers en hun Gezinsleden uit 1990 ratificeert.

- In 2014 oordeelde het comité van het Europees Sociaal Handvest dat Nederland voorzieningen moest treffen {'bed, bad, brood') ook voor degenen die illegaal in Nederland verblijven. Het kabinet nam dat oordeel niet over, wel zeiden veel gemeenten dat zulke voorzieningen al hadden of zouden invoeren. Het totaal aantal illegalen in Nederland is wel geschat op 100.000, maar de overgrote meerderheid van hen voorziet door arbeid, vrienden of familie zelf in hun bestaan.

- Discriminatie en racisme zijn hardnekkig en wijdverspreid. Onderzoek van Amnesty in 2007 wees uit dat nog geen 10 procent van de gemeenten in dat verband een actieplan heeft; 58 procent gaf aan onvoldoende informatie over racisme in de gemeente te hebben. In de aanpak van discriminatie toont het beleid van de Nederlandse overheid gebreken, zoals in het tegengaan van ‘etnische profilering’ door de politie.

- Maatregelen die het dragen van gezichtsbedekkende kleding (boerka) verbieden zijn in strijd met de vrijheid van godsdienst.

 - Het VN-Comité voor de Uitbanning van Discriminatie tegen Vrouwen sprak begin 2007 zorg uit over gebrek aan gegevens over geweld tegen vrouwen in Nederland, en het voortgaande racisme.

- Wetgeving die vanaf 2005 is ontwikkeld maakt het mogelijk mensen die verdacht worden van misdrijven van terrorisme langer te detineren in afwachting van hun proces. Bepaalde 'ongewenste vreemdelingen' kunnen worden uitgezet, maximaal tien jaar de toegang tot Nederland worden ontzegd of gedurende zes maanden worden gevangengezet wanneer ze in het land blijven. In 2010 sprak de Commissaris voor de Rechten van de Mens van de Raad van Europa zorg uit over maatregelen tegen terrorisme, vooral de vage definities van de desbetreffende misdrijven en de mogelijkheid om mensen lange tijd (tot twee jaar) op verdenking van terrorisme in voorarrest te houden,

- Er zijn berichten dat in 2003 gedetineerden in Irak door Nederlandse militairen zijn mishandeld. Aantijgingen over het gebruik van skibrillen, luide muziek en water werden onderzocht; het ministerie van Defensie verklaarde dat deze methoden inderdaad waren gebruikt. Parlement en publiek bleken niet eerder geïnformeerd over eerdere onderzoeken. 

- Het een belangrijke taak voor de Nederlandse regering erop toe te zien dat bedrijven de verantwoordelijkheid voor mensenrechten in beleid en praktijk integreren, eens te meer indien sprake is van overheidssteun. Betrokkenheid van Nederlandse bedrijven bij mensenrechtenschendingen moet krachtig worden veroordeeld. Eventuele buitenlandse slachtoffers moeten een beroep kunnen doen op een rechtsbijstandfonds om Nederlandse bedrijven aansprakelijk te stellen voor onrechtmatige handelingen.

- In 2011 oordeelde de Haagse rechtbank in hoger beroep dat drie nabestaanden van de massamoord in Srebrenica (1995) recht hadden op schadevergoeding van de Nederlandse staat, omdat die in gebreke was gebleven bij de bescherming door de Nederlandse Dutchbat-missie van hun familieleden. Veel andere nabestaanden blijven proberen via Nederlandse rechtbanken schadeloosstelling te krijgen. De rechtbank Den Haag oordeelde in 2014 dat Nederland aansprakelijk is voor de deportatie van ruim driehonderd mannen in Srebrenica. De uitspraak betekent dat de familieleden van de slachtoffers een schadevergoeding kunnen eisen.

- In het Nederlandse onderwijscurriculum is geen structurele aandacht voor mensenrechteneducatie. Alleen in kerndoel 47 van de onderbouw van het voortgezet onderwijs (een kerndoel dat op geen enkele manier wordt vertaald naar de curricula van specifieke vakken) wordt het onderwerp vermeld. Uit de Eurobarometer The Rights of the Child blijkt dat de Nederlandse jeugd de minste kennis bezit over internationaal vastgelegde kinderrechten van alle jongeren binnen de Europese Unie.